原標(biāo)題：穿山甲是新型冠狀病毒的潛在中間宿主？專家觀點(diǎn)不一
源頭最開始指向華南海鮮市場(chǎng)，但最近的研究成果越來越不支持這一結(jié)論。
新京報(bào)訊（記者 李玉坤）自2月7日，華南農(nóng)業(yè)大學(xué)研究人員宣稱穿山甲為新型冠狀病毒的潛在中間宿主之后，關(guān)于“穿山甲中間宿主論”的關(guān)注持續(xù)升溫。科技部社會(huì)發(fā)展科技司司長吳遠(yuǎn)彬15日也表示，正組織有關(guān)科研團(tuán)隊(duì)進(jìn)行論證，對(duì)新冠病毒從穿山甲到人的傳播也在進(jìn)一步加緊研究。
近日，4篇與穿山甲冠狀病毒相關(guān)的論文手稿發(fā)表在生物學(xué)論文預(yù)發(fā)布平臺(tái)bioRxiv，分別是香港大學(xué)教授管軼等人的論文dentification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China（華南地區(qū)馬來亞穿山甲中2019-nCoV相關(guān)冠狀病毒的鑒定），華南農(nóng)業(yè)大學(xué)教授沈永義等人論文Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins（馬來亞穿山甲中新冠類似病毒的分離與鑒定），以及廣東省生物資源應(yīng)用研究所研究院陳金平等人的論文Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus （2019-nCoV） ？（穿山甲是新冠病毒的中間宿主嗎？）以及Matthew C。 Wong等人在2月7日提交的Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019（冠狀病毒重組的證據(jù)表明新冠病毒來源于穿山甲）。
中國的三篇論文都分析了從穿山甲身體發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒與人類流行的新冠病毒的基因序列相似性，管軼和沈永義的論文認(rèn)為穿山甲有很大可能是新冠病毒的中間宿主，陳金平的論文則提出了一些疑點(diǎn)。此外，一些專家也在線發(fā)文，提出了自己的看法。
證據(jù)1：
穿山甲冠狀病毒和新冠病毒9成相似
華南農(nóng)大在2月7日的發(fā)布會(huì)時(shí)稱，通過對(duì)病毒的基因組分析，發(fā)現(xiàn)從穿山甲身上分離的冠狀病毒病毒株與目前感染人的毒株序列相似度高達(dá)99%。
但從近日提交的論文來看，研究者從多個(gè)樣本中獲得了一個(gè)接近完成的冠狀病毒基因組（29，578 bp），其中E、M、N和S基因中分別與2019-nCoV（新冠病毒）表現(xiàn)出100%， 98.2%，96.7%和90.4%的氨基酸同一性。S，E，M和N4個(gè)基因的長度分別為3798、228、669和1260 bp（堿基對(duì)），以此來看，也并非全基因序列上達(dá)到了99%。
華南農(nóng)大的論文指出，在全基因組序列分析中，穿山甲冠狀病毒基因組在整個(gè)基因組中與人類新冠病毒和一株蝙蝠SARS相關(guān)冠狀病毒（Bat SARSr-CoV RaTG13）非常相似，除S基因外，序列同一性在80%至98%之間。
管軼論文中，推測(cè)穿山甲冠狀病毒基因組與新冠病毒有85.5%至92.4%的相似性。陳金平等人的研究顯示，穿山甲冠狀病毒和新冠病毒之間的核苷酸序列同一性為90.23%，單個(gè)蛋白的序列同一性最高可達(dá)100%。穿山甲冠狀病毒和蝙蝠SARS相關(guān)冠狀病毒（Bat SARSr-CoV RaTG13）之間的核苷酸序列相似性為90.15%。
三組研究的結(jié)論都能證明，穿山甲冠狀病毒與新冠病毒和一組蝙蝠冠狀病毒遺傳相關(guān)。
根據(jù)論文說明，記者發(fā)現(xiàn)，三組研究所使用的穿山甲并非完全同一批，但廣東部分來自同一批海關(guān)緝私行動(dòng)。華南農(nóng)業(yè)大學(xué)從2019年3月至12月從野生動(dòng)植物救援中心收集的四只中華穿山甲 （Manis pentadactyla）和25只馬來亞穿山甲（Manis javanica）獲得了肺組織，但中華穿山甲的樣本沒有能夠擴(kuò)增。管軼研究的穿山甲樣品，大部分是2017年8月至2018年1月廣西海關(guān)在反走私行動(dòng)中獲得的。
證據(jù)2
二者的受體結(jié)合域非常相似
華南農(nóng)大的論文特別指出，穿山甲冠狀病毒的S蛋白的受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域?qū)嶋H上與人類新冠病毒的S蛋白受體結(jié)構(gòu)域相同，只是具有一個(gè)氨基酸差異。陳金平等人的論文解釋，冠狀病毒的S蛋白通過受體結(jié)合域（RBD）與宿主受體結(jié)合，并在引發(fā)病毒感染和確定宿主嗜性中起重要作用。
先前的研究表明，新冠病毒，SARS病毒和蝙蝠中發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒具有相似的受體結(jié)合域，表明它們都使用相同的受體ACE2，與MERS病毒的受體結(jié)構(gòu)域不同。“我們的分析表明，穿山甲冠狀病毒與這三種病毒的受體結(jié)合域更一致，這表明穿山甲CoV很可能使用ACE2作為受體。另一方面，ACE2受體存在于穿山甲中，與人體內(nèi)的基因同源物序列高度一致。但是，尚不清楚這種穿山甲冠狀病毒的人畜共患病情況。”陳金平等人在論文中分析。
論文具體分析，通過對(duì)在人類、穿山甲、果子貍、蝙蝠這4種動(dòng)物中發(fā)現(xiàn)的SARS相關(guān)冠狀病毒的S蛋白進(jìn)行比較分析，SARS病毒的S蛋白的受體結(jié)合域可以有效地結(jié)合人和果子貍的ACE2，另外，它似乎能夠結(jié)合穿山甲的ACE2， 蝙蝠毒株（Bat-CoV-RaTG13）也是如此。 相反，新冠病毒和穿山甲冠狀病毒的S蛋白可能僅識(shí)別人和穿山甲的ACE2。 因此，人和穿山甲的ACE2可能可以識(shí)別所有四種SARS相關(guān)冠狀病毒的S蛋白，而果子貍的ACE2只能可靠地識(shí)別SARS病毒和蝙蝠冠狀病毒（Bat-CoV-RaTG13）的S蛋白。
管軼等人也在論文中分析，受體結(jié)合域方面，新冠病毒與廣東穿山甲中發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒表現(xiàn)出非常高的序列相似性。
Joe Petrosino課題組的成員Matthew Wong21天前就在病毒學(xué)網(wǎng)站上發(fā)帖稱，武漢新冠病毒株的刺突蛋白（spike protein，或者翻譯為長釘?shù)鞍住⑺氲鞍祝褪枪跔畈《镜摹盎使诩狻保闹兴f的受體結(jié)合域就在刺突蛋白上，負(fù)責(zé)和受體結(jié)合，讓病毒進(jìn)入細(xì)胞。——記者注）總體上更接近蝙蝠病毒株（RaTG13），這可能是由于穿山甲冠狀病毒的S蛋白的某個(gè)亞結(jié)構(gòu)域非常不同，但是從某一部分（ S1-CTD ）開始，武漢株新冠病毒和穿山甲冠狀病毒受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域非常相似，大約97%。
Matthew Wong等人的論文顯示，從新冠病毒的受體結(jié)合域組成看，蝙蝠株病毒（RaTG13）基因組僅共享參與受體結(jié)合基序的五個(gè)關(guān)鍵氨基酸中的一個(gè)，而穿山甲冠狀病毒則共享所有五個(gè)關(guān)鍵殘基。 似乎在穿山甲中發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒株與蝙蝠病毒株之間的重組中產(chǎn)生了新冠病毒的受體結(jié)合域。但是管軼等人并不傾向于發(fā)生了重組，而是認(rèn)為產(chǎn)生了趨同進(jìn)化。
證據(jù)3
穿山甲冠狀病毒具有感染人類的潛力
雖然陳金平團(tuán)隊(duì)的研究數(shù)據(jù)不支持直接從穿山甲冠狀病毒演變而成新冠病毒，但這項(xiàng)研究表明穿山甲是Beta冠狀病毒（SARS/新冠病毒都屬于這一類——記者注）的天然宿主，具有感染人類的潛力。
研究顯示，從兩個(gè)不同的海關(guān)在不同的日期截獲的兩批穿山甲中檢測(cè)到的冠狀病毒的基因組序列都與蝙蝠冠狀病毒有關(guān)。盡管不清楚這兩批走私的穿山甲是否是來自同一地區(qū)，但能夠表明穿山甲是βeta冠狀病毒的天然宿主，可能與穿山甲共生。陳金平等人研究中檢測(cè)到的全部三只穿山甲都被Beta冠狀病毒感染，病情很重，患有嚴(yán)重的呼吸道疾病，目前尚不清楚該冠狀病毒是否為常見病毒穿山甲呼吸道中的菌群，這種冠狀病毒對(duì)穿山甲的發(fā)病機(jī)理仍有待研究。
陳金平等人認(rèn)為，他們的研究結(jié)果不能防止其他冠狀病毒可能在穿山甲中傳播，對(duì)穿山甲中冠狀病毒的大量監(jiān)測(cè)可以增進(jìn)人們對(duì)穿山甲中冠狀病毒譜的了解。保護(hù)野生生物和限制人類和野生生物的接觸，才能將冠狀病毒從野生動(dòng)物傳播給人類的風(fēng)險(xiǎn)降到最低。
趙素文也談到，穿山甲在野外基本是獨(dú)居的，即使生病，也不易引發(fā)大流行。而活穿山甲在走私過程中，經(jīng)常多只一起走私，由于環(huán)境惡劣，很容易得肺病并互相傳染，所以穿山甲冠狀病毒具備在被走私的穿山甲群體中長期流行的條件。
疑點(diǎn)1
中間宿主相似性比原生宿主低？
但記者發(fā)現(xiàn)，9成左右的相似，遠(yuǎn)低于新冠病毒與在蝙蝠身上發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒相似性。中科院武漢病毒研究所及華中農(nóng)業(yè)大學(xué)研究證實(shí)，新冠病毒與一個(gè)云南的蝙蝠樣本中發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒相似度高達(dá)96%。（即上文所述的Bat-CoV-RaTG13，該蝙蝠定居在距武漢近2000公里的云南省）
與SARS病毒的傳播相比，這種情況不太合理。2017年，中國科學(xué)院武漢病毒研究所確定了SARS病毒的原生宿主是菊頭蝠，此前認(rèn)為的果子貍只是中間宿主。基因測(cè)序發(fā)現(xiàn)，果子貍體內(nèi)檢測(cè)到的SARS相關(guān)冠狀病毒，與人群中流行的 SARS 病毒全基因組序列的一致性達(dá)到99.8%，兩者高度相關(guān)。一株蝙蝠冠狀病毒全長基因組測(cè)序證明，與能夠感染人和果子貍的SARS冠狀病毒，基因組序列相似度為92%。
上海科技大學(xué)iHuman研究所研究員趙素文指出，論起和新冠病毒的親疏遠(yuǎn)近，還是蝙蝠冠狀病毒RaTG13排第一，穿山甲冠狀病毒目前屈居第二。
陳金平等人在論文中則直接指出，穿山甲冠狀病毒與新冠病毒之間存在高度序列相似性，但是，系統(tǒng)發(fā)育分析不支持直接從穿山甲冠狀病毒中產(chǎn)生的冠狀病毒。
疑點(diǎn)2
新冠病毒特有的Furin蛋白酶切位點(diǎn)
Matthew Wong此前已經(jīng)提到了，穿山甲冠狀病毒和新冠病毒的受體結(jié)合域非常相似，但新冠病毒多了一個(gè)Furin蛋白酶切位點(diǎn)。
南開大學(xué)高山等人2020年2月2日提交在中科院預(yù)印本ChinaXiv網(wǎng)站的論文手稿《武漢2019冠狀病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位點(diǎn)》在國際上首次報(bào)道一個(gè)重要的變異，這個(gè)變異引入了一個(gè)可供 Furin蛋白酶切的位點(diǎn)，是此前所有發(fā)現(xiàn)的 SARS 和 SARS類似（SARS-like）冠狀病毒所不具備的，這種變異有可能增強(qiáng)了武漢2019冠狀病毒的傳播能力。
作者稱，在前期工作基礎(chǔ)上，無意間發(fā)現(xiàn)了武漢2019冠狀病毒基因組可能存在Furin蛋白酶切位點(diǎn)。這一發(fā)現(xiàn)暗示了武漢2019冠狀病毒可能在感染途徑上與SARS冠狀病毒有較大差異，該病毒可能采用了HIV、鼠肝炎冠狀病毒等其他病毒的包裝機(jī)制，而不同于SARS等其他大部分Beta冠狀病毒，由于包裝機(jī)制的改變，武漢2019冠狀病毒 S 蛋白獲得了更高的侵染細(xì)胞的效率，這可能是其傳播能力大于 SARS 冠狀病毒的一個(gè)原因。此外，一些禽流感病毒也可以通過突變獲得一個(gè) Furin蛋白酶切位點(diǎn)，以提高其侵染細(xì)胞的效率。
賓夕法尼亞大學(xué)醫(yī)學(xué)院微生物學(xué)系副研究員李懿澤對(duì)此有過評(píng)論，他認(rèn)為新冠病毒比其他親緣近的病毒多了Furin切割位點(diǎn)，它的受體結(jié)合區(qū)與整體基因組親緣更近蝙蝠冠狀病毒的相似度還不如整體親緣更遠(yuǎn)的穿山甲冠狀病毒，如果完全通過自然進(jìn)化獲得這些獨(dú)特性，非常不可思議。
趙素文也認(rèn)為，穿山甲冠狀病毒的刺突蛋白，不像新冠病毒那樣有Furin酶切位點(diǎn)的加持。從新聞報(bào)道中的圖片可以看到，廣東的專家們?cè)趨⑴c穿山甲救治時(shí)僅戴了手套，沒有口罩，沒有護(hù)目鏡，更沒有防護(hù)服，而我們知道廣州并沒有暴發(fā)疫情，顯然這種穿山甲病毒，并沒有新冠病毒那么具有傳染性。從入境就被截獲這一點(diǎn)來看，可以推測(cè)這批穿山甲應(yīng)該入境前（越南）就攜帶上冠狀病毒了。管軼團(tuán)隊(duì)從廣西海關(guān)截獲的多批穿山甲樣本里也檢測(cè)到了類似的冠狀病毒，也證明了這一點(diǎn)。
遺憾：華南市場(chǎng)沒有動(dòng)物采樣
雖然最開始武漢不明原因的肺炎的源頭指向華南海鮮市場(chǎng)，但是最近的研究成果越來越不支持這一結(jié)論。
中科院西雙版納熱帶植物園副研究員郁文彬等人的論文基于全基因組數(shù)據(jù)解碼新型冠狀病毒進(jìn)化和傳播分析，與華南海鮮市場(chǎng)有關(guān)聯(lián)的患者樣品都是一個(gè)單倍型（并且不是最古老的單倍型）及其衍生的單倍型，現(xiàn)在樣本中出現(xiàn)了只有一個(gè)來自武漢，與華南市場(chǎng)沒有聯(lián)系，這種單倍型在其他國家和地區(qū)的樣本中出現(xiàn)，甚至部分國家新冠病毒單倍型在武漢的取樣中沒有發(fā)現(xiàn)。
他們分析，最早可能于去年11月中下旬，受感染的人很可能將新冠病毒傳播給市場(chǎng)上的工人或賣家，然后迅速在市場(chǎng)上流通。
不過，華南市場(chǎng)出售野生動(dòng)物的商鋪陽性樣本集中，在1月1日市場(chǎng)被責(zé)令休市前后，商鋪的老板也有多例確診。
中疾控病毒病所消息顯示，他們于1月1日上午8時(shí)赴華南海鮮城，針對(duì)病例相關(guān)商戶及相關(guān)街區(qū)集中采集環(huán)境樣本515份，1月12日，病毒病所專家再次在華南海鮮市場(chǎng)采集野生動(dòng)物販賣商鋪相關(guān)標(biāo)本70份。這585份環(huán)境樣本中，檢測(cè)到33份樣品含有新型冠狀病毒核酸，并成功在陽性環(huán)境標(biāo)本中分離病毒，提示該病毒來源于華南海鮮市場(chǎng)銷售的野生動(dòng)物。
中疾控報(bào)告稱，華南海鮮市場(chǎng)西區(qū)存在野生動(dòng)物交易，尤其是西區(qū)的七街和八街靠近市場(chǎng)內(nèi)部的區(qū)域存在多家野生動(dòng)物交易商鋪，而這一區(qū)域的陽性標(biāo)本也比較集中，占全部陽性樣本的42.4%（14/33）。綜上所述，高度懷疑此次疫情與野生動(dòng)物交易有關(guān)。
遺憾的是，從目前的報(bào)道來看，相關(guān)機(jī)構(gòu)只取了環(huán)境樣本，并沒有對(duì)動(dòng)物取樣，市場(chǎng)已經(jīng)經(jīng)過多次消毒。對(duì)此，管軼接受媒體采訪時(shí)表示，華南海鮮市場(chǎng)封掉、洗地，“犯罪現(xiàn)場(chǎng)”都沒了，很難破案。他表示，追溯動(dòng)物源是個(gè)比較復(fù)雜的過程，不可能隨便找到一個(gè)帶有病毒的動(dòng)物就把它歸咎是元兇。
陳金平等人也在論文中指出，控制疾病傳播的重要一點(diǎn)是確定新冠病毒的動(dòng)物來源。在武漢這個(gè)生鮮市場(chǎng)（wet market）中，環(huán)境樣本報(bào)告了高病毒載量。但是，在這個(gè)市場(chǎng)上出售了各種動(dòng)物，包括一些野生動(dòng)物，并且數(shù)量和種類都非常動(dòng)態(tài)，尚不清楚哪個(gè)動(dòng)物開始了第一次感染。
